إنتاج زيت بذور القطن من الدرجة الأولى يتضمن بشكل أساسي التكرير التقليدي. ومع ذلك، هناك معلمتان لزيت بذور القطن تتطلب خطوات معالجة إضافية:
1. اللون: التكرير التقليدي وحده لا يكفي لتحقيق الجودة المطلوبة في لون زيت بذور القطن.
2. التخزين عند درجات حرارة منخفضة: قد تتطور زيوت بذور القطن إلى دهون ذات نقطة ذوبان منخفضة تسبب عدم شفافية جيدة عند تخزينها في درجات حرارة منخفضة. اللون العميق لزيت بذور القطن يرجع أساسًا إلى وجود غوسيبول ومشتقاته. الغوسيبول، الموجود في غدد الصباغ في بذور القطن، هو صبغة كبيرة تشكل من 20% إلى 40% من الصبغات الكلية. يمكن للغوسيبول أن يشكل صبغات مستقرة جدًا عند التسخين، مما يزيد من صعوبة التنقية اللاحقة. لذلك، في ورشة استخراج بذور القطن، فإن تنقية الزيت المختلط الذي لم يتعرض للمعاملة الحرارية عالية الدرجة (كما هو مفصل أدناه) هي طريقة فعالة لتقليل لون زيت بذور القطن. بالإضافة إلى ذلك، تتطلب الدهون ذات نقطة الذوبان المنخفضة التي تترسب أثناء التخزين في درجات الحرارة المنخفضة خطوة تقطير إضافية (كما هو مفصل أدناه) لإزالة هذه المواد من زيت بذور القطن.